Με την εμφάνιση της ατμοπλοΐας, κατά τα τέλη του 19ου αιώνα, η ναυτιλιακή κίνηση της Θεσσαλονίκης άρχισε να παρουσιάζει αλματώδη άνοδο, συγχρόνως όμως άρχισαν να γίνονται αισθητά τα προβλήματα από την έλλειψη τεχνικών υποδομών και εργατικού δυναμικού. Η ανάγκη αντιμετώπισης αυτών των προβλημάτων οδήγησε το 1908 στην ίδρυση του “Ναυτικού Επιμελητηρίου Αλλοδαπών Ατμοπλοϊκών Εταιρειών της Θεσσαλονίκης”.
Στα 19 ιδρυτικά μέλη περιλαμβάνονταν 13 εταιρείες, από την Γερμανία, Βρετανία, Αυστρία, Βέλγιο, Δανία, Γαλλία, Ολλανδία, Ιταλία, Ρωσία και 6 εταιρείες από την Ελλάδα, οι οποίες εκπροσωπούνταν από τους πράκτορές τους. Το αρχικό ενδιαφέρον, με συνακόλουθη την αύξηση των μελών του Επιμελητηρίου μέχρι το 1912, ακολούθησε η πτώση και η παρακμή της ευρύτερης περιοχής εξ αιτίας των Βαλκανικών Πολέμων, του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου και του περιορισμού της ενδοχώρας με τη μεταβολή των συνόρων. Το 1920 καταγράφονται μόνο έξι ναυτικά πρακτορεία που αντιπροσώπευαν πέντε ελληνικές ναυτιλιακές εταιρείες και μία γαλλική.
Η σταδιακή ανάκαμψη οδήγησε στην ανασύσταση του Επιμελητηρίου, με νέα επωνυμία (Ναυτικό Επιμελητήριο Θεσσαλονίκης) και νέο καταστατικό. Κατά την περίοδο που ακολούθησε δημιουργήθηκαν πολύ σημαντικά ζητήματα που απαιτούσαν συλλογική αντιμετώπιση (δημιουργία Ελληνικής και Γιουγκοσλαβικής Ελεύθερης Ζώνης, εργασιακά προβλήματα, ίδρυση Λιμενικού Ταμείου, κ.ά.). Έτσι το 1927 βρίσκει το Επιμελητήριο με 45 μέλη. Μετά από αναγκαστικό νόμο που θεσπίσθηκε τον Ιανουάριο του 1935 το Ναυτικό Επιμελητήριο αναγκάζεται να αλλάξει το καταστατικό και τον τίτλο του σε “Σύλλογος Ναυτικών Πρακτόρων Θεσσαλονίκης” με την 781/1939 απόφαση του Πρωτοδικείου.
Από την έναρξη του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου και σε όλη τη διάρκειά του, το εξωτερικό εμπόριο και βεβαίως η ναυτιλιακή κίνηση της πόλης είναι ουσιαστικά ανύπαρκτα. Με διαταγή της κατοχικής διοίκησης διαγράφονται όλοι οι Εβραίοι από τα σωματεία και τις ενώσεις όπου μετείχαν. Έτσι και ο Σύλλογος Ναυτικών Πρακτόρων αναγκάστηκε να διαγράψει σημαντικά ιδρυτικά μέλη του, από τα οποία ελάχιστα διασώθηκαν μετά τον αποτρόπαιο αφανισμό που υπέστη η Εβραϊκή κοινότητα της πόλης από τους κατακτητές. Το τέλος του πολέμου βρήκε το λιμάνι της πόλης ολοσχερώς κατεστραμμένο και με τεράστια προβλήματα. Ο ναυτιλιακός κόσμος της πόλης αισθάνθηκε την ανάγκη να συσπειρωθεί γύρω από το Σύλλογό του για να μπορέσει να αντιμετωπίσει ζωτικά θέματα λειτουργίας, κανονισμών και υποδομών.
Κατά την περίοδο που ακολούθησε το τέλος του πολέμου μέχρι και σήμερα, το λιμάνι άρχισε να αναπτύσσεται αλλά δυστυχώς με ρυθμούς χαμηλότερους από αυτούς που επέβαλαν οι υπάρχουσες ανάγκες και προοπτικές. Όλο αυτό το διάστημα, οι εκάστοτε διοικήσεις του Συλλόγου εργάσθηκαν εντατικά για το σκοπό της ανάπτυξης του λιμανιού και των εν γένει συνθηκών εργασίας, υποβάλλοντας προτάσεις ή ασκώντας πιέσεις τόσο προς τις λιμενικές και τελωνειακές αρχές όσο και προς τον Οργανισμό Λιμένος Θεσσαλονίκης (στο Διοικητικό Συμβούλιο του οποίου ο Σύλλογος εκπροσωπούνταν μέχρι την μετατροπή της εταιρείας σε ΝΠΙΔ και την εισαγωγή της στο Χρηματιστήριο). Έτσι σημαντικές αλλαγές, όπως η ενοποίηση των εργατικών σωματείων, η καθιέρωση της β’ βάρδιας στο συμβατικό λιμάνι, η ενιαία τιμολόγηση στο Σταθμό Εμπορευματοκιβωτίων και άλλα σημαντικά θέματα που απασχολούσαν χρόνια τα μέλη μας, έγιναν πραγματικότητα χάρη στις άοκνες προσπάθειες των διοικήσεων του Συλλόγου μας.
Το Σύλλογο τίμησαν με την προεδρία τους οι κάτωθι:
Το 1996 αποφασίσθηκε η αγορά ιδιόκτητων γραφείων. Τα εγκαίνια τους στην οδό Βενιζέλου 4, έγιναν το Μάρτιο του 1998.
Το 2008, με την ευκαιρία της συμπλήρωσης 100 χρόνων από την ίδρυσή του, ο Σύλλογός μας εξέδωσε και παρουσίασε σε πανηγυρική εκδήλωση το αναμνηστικό λεύκωμα «Ο Ναυτιλιακός Πρακτορειακός Κόσμος 1908 – 2008 Εισαγωγή στην ιστορία των ναυτικών πρακτόρων της Θεσσαλονίκης». Το βιβλίο συνέγραψε μετά από επίπονη και εκτεταμένη έρευνα ο έγκριτος ιστορικός Δρ. Ευάγγελος Χεκίμογλου. (σημ. Από την παραπάνω αναλυτική και εμπεριστατωμένη έρευνα έχουν αντληθεί τα ελάχιστα περιληπτικά στοιχεία του παρόντος).